آن جا که از جايگاه و نقش و رسالتي که بر عهده دانشکده حقوق و علوم سياسي است سخن مي گفت تا جايي پيش رفت که بگويد: ”بنابراين مي توان گفت دانشکده وجود ندارد چون موضوعش وجود ندارد“. طباطبايي معتقد است که: ”به اين اعتبار اين دانشکده تاسيس شد که نظام سنتي فکر کردن و نظام سنتي ارزش هاي ما در دوران جديد پاسخ گوي وضع تحولات ايران در آغاز قرن 20 -اندکي پيش از پيروزي مشروطه- نبود. به عبارت ديگر خاستگاه اين دانشکده گسستي است که در نظام سنتي ما انجام شده بود و قرار بود اين دانشکده موضوع خودش را داشته باشد که عبارت باشد از اين که ايران چيست؟“ به زعم وي دانشکده علوم سياسي نتوانسته به موضوع ايران بپردازد و ايران را موضوع مورد مطالعه خويش قرار دهد.

طباطبايي از زمره روشنفکران عرفي است که پروژه روشنفکري ديني را بلاموضوع مي داند هر چند در اين جلسه از اين نيز فراتر رفت و ادعا کرد که به راحتي مي توان گفت عمده تلاش روشنفکري  چه در داخل کشور و چه در خارج از کشور فاقد ارزش است و طعنه هاي زد که کساني که اندک آشنايي با ادبيات روشنفکري و به خصوص روشنفکري ديني ايران داشته باشند متوجه آن ها شدند.وي حتي به حال نيز بسنده نکرد و تاريخ روشنفکري را نيز در همين زمره آورد. ”اگر روشنفکري ما نداند که شکاف تاريخي که ايجاد شد چه بود؟ و در کجا ايجاد شد؟ و نطفه روشنفکري ما در آن گسل بسته شد نخواهيم توانست توضيح دهيم که روشنفکري ما چيست؟“

وي معتقد است که روشنفکري ايران در خلا ايجاد شده است و اين داغ تا زمان مرگ و نابودي روشنفکري در ايران بر گرده آن خواهد بود و همچنان در دام تکرار اين خلا گرفتار است به ديگر سخن روشنفکري در ايران بر روي چيزي نايستاده و بر تکيه گاه استواري اتکا ندارد چرا که ما هنوز نتوانسته ايم همه سنت قدمايي خودمان را در حوزه نظر بازسازي بکنيم تا بتوانيم به تعبير طباطبايي يا يکباره به جنگش برويم و يا اگر روشنفکر ديني هستيم با آن ائتلاف کنيم و به آن تکيه دهيم. مهم ترين فراز چالش هاي سيد جواد طباطبايي چه با جريان روشنفکري و چه با جريان آکادميک نيز در همين است که به زعم وي ما هنوز به شناخت ايران نرسيده ايم و اين بحراني است که طباطبايي پيش روي جريان روشنفکري نهاده است. آيا ايران را مي شناسيم يا نه؟ و يا به تعبير خودش ”ايران چيست؟“ حال روشنفکري ايران با اين بحران روبرو است که چه زماني مي خواهد  به شناخت ريشه ها و بنيان هاي تاريخي تحولات ايران بپردازد و سنت فکري آن را بشناسد. آيا به تعبير طباطبايي همچنان در اين بحران دست و پا خواهد زد تا بيش تر فرو رود يا به آگاهي دست خواهد يافت؟